El día 1º de enero de 1779 se erigió la Parroquia de Chiquinquirá del Real de Minas de San Laureano. En el año de 1792 se estrenan algunas reformas del templo parroquial: altar de madera sobredorado con seis nichos, dos naves laterales, cuatro altares en el cuerpo del templo. En 1793 Don Facundo Mutis obsequió el lote del Cementerio parroquial, entre los sacerdotes de aquella primera época se destaca D. Eloy Valenzuela, hombre de ciencia, que fue asesinado por dos ladrones en su propia casa.

El 17 de febrero de 1850 los vecinos, aterrados por la mortandad a causa de la viruela, hicieron un voto solemne a la Virgen de Chiquinquirá y se comprometieron a celebrar su fiesta todos los años y ayunar la vigilia de la celebración. Posteriormente en 1854 se inició la construcción del Hospital San Juan de Dios, del cual, más tarde, se apropió el Estado. En 1865, el inolvidable P. Romero empieza a construir el actual templo y la casa cural que la inauguran en 1872.

En 1875, Fray Buenaventura Galvis fundó una escuela católica y con ocasión del terremoto congrega a las gentes en la Plaza del Cementerio y del Hospital para celebrar la Santa Misa, donde ha quedado un obelisco como recuerdo. Al frente de la Parroquia está hoy Monseñor Juan Carlos Castellanos Ruiz.