Después de 1638, el Jesuita  Francisco Felipe se dedicó a construir el templo que los gironeses llamaron siempre Iglesia de Jesús. Posteriormente los temblores de tierra la destruyeron. Abnegados doctrineros, celosos y doctos dominicos, al suave rumor del Río de Oro, fueron cultivando y edificando la fe en la hidalga Villa.
Los libros parroquiales se iniciaron en 1645,  cuando ya se había implantado la devoción de San Benito, para dirimir las luchas clasistas de los negros de las minas, con los blancos de las encomiendas.

Más tarde, hacia 1711, el Presbítero Doctor Francisco Mantilla de los Ríos inició la construcción del templo actual que sufrió diversas reedificaciones, la última hacia 1878, por el Padre José Alejandro Peralta, quien en 1883 entregó la obra terminada. El 24 de octubre de aquel año el Excelentísimo Señor D. Ignacio Parra consagró el templo y el altar principal. El año de 1892 la imagen del Señor vino a ocupar su sitial en el templo que desde entonces ha sido su casa.

El 30 de junio de 1998 S.S. el Papa Juan Pablo II erigió como Basílica Menor el Templo San Juan Bautista. Hoy rige sus destinos el Señor Presbítero Jorge Ríos Cortés..